Anubis ist der ultimative "Böse" im Spiel.
Vor vielen tausend Jahren wurde Anubis von den anderen Systemlords verbannt. Selbst für sie waren seine Taten zu grausam und brutal. Irgendwie ist es Anubis aber gelungen aufzusteigen, was er nicht lange bleiben konnte, weil er von den anderen aufgestiegenen Energiewesen wiederum verbannt wurde.
Seit dem existiert er nicht mehr als Körper sondern als eine Energiemasse, die nur durch ein Kraftfeld zusammengehalten wird.
Er versucht der Mächtigste aller Goa'Uld zu werden. Dazu ist ihm jedes Mittel recht. Um dieses Ziel zu erreichen hat er auf dem Planeten Tartarus ein riesige Armee seiner Supersoldaten erschaffen.